Mykoplasma (Mycoplasma pneumoniae) är vanligt hos skolbarn (> 5 år) och orsakar oftast en övre luftvägsinfektion. Endast ett fåtal utvecklar pneumoni. Inkubationstiden är 1–3 veckor och ofta ses lokala epidemier.
Klamydia (Chlamydia pneumoniae, TWAR) drabbar oftast tonåringar och unga vuxna. Inkubationstiden är flera veckor.
Till atypisk pneumoni kan även kikhosta (Bordetella pertussis) räknas (se separat rekommendation).